El antecedente a la creación del GAFE, data de 1986 con la 'Fuerzas Especiales de Reacción Inmediata del Alto Mando', formada con los oficiales y clases más destacados de la Brigada de Fusileros Paracaidistas.

Formalmente el GAFE surge en el año de 1990 con un Pie veterano formado en su mayoría por oficiales con cursos de operaciones y fuerzas especiales en el extranjero y clases y elementos de tropa de la Brigada de Fusileros Paracaidistas.

Su entrenamiento inicial fue proporcionado por Fuerzas Especiales de los Estados Unidos, Sayeret Matkal de Israel y la Gendarmeria francesaDesde su creación han recibido una amplia variedad de entrenamientos por diferentes grupos de fuerzas especiales de todas partes el mundo. El curso básico de fuerzas especiales dura 6 meses.

El Grupo Anfibio de Fuerzas Especiales dejó de denominarse así desde el 2004 cuando cambiaron su denominación a Cuerpo de Fuerzas Especiales, seguidos de la denominación de donde pertenecen.

Es una unidad élite del Ejército Mexicano dedicada a llevar a cabo operaciones especiales y encubiertas. Estos grupos de Fuerzas Especiales, se diferencian de todas las demás unidades del Ejército por su alto grado de adiestramiento, disciplina, tolerancia al dolor, control de emociones, valor, capacidades físicas, psicológicas y de combate.Todas las operaciones son consideradas como información clasificada y únicamente son conocidas por los altos mandos del ejército, incluido el Presidente de la República en su carácter de jefe supremo de las Fuerzas Armadas de México.

Actualmente y constantemente las unidades de Fuerzas Especiales se encuentran realizando operaciones en contra de los cárteles del narcotráfico y crimen organizado en México. Todos los elementos son especialmente entrenados en tácticas de supervivencia y reacción inmediata para poder combatir contra cualquier fuerza hostil